Det er første gang husdyr konfiskeres og ødelegges i USA på mistanke om at de bærer den fryktede smitten.
Houghton Freemans 234 sauer fikk egentlig dødsdommen i fjor sommer.
Landbruksdepartementet frykter at flokken, som er importert fra Belgia, bærer et virus i slekt med BSE. Besetningen har stått i karantene siden 1998.
Onsdag ble sauene fjernet fra Freemans gård. De fraktes fra Vermont til Ohio, der det skal tas prøver av hjernene deres før skrottene brennes.
Bonden har forsøkt å stanse myndighetene i rettsapparatet, men tapte sin siste anke i forrige uke.