Bomben eksploderte i La Mercedes-kirken i hjertet av den gamle bydelen i Havana, som står på UNESCOS liste over bevaringsverdig bebyggelse. Det er ikke kjent hvem som sto bak.
Cubanerne fikk i år for første gang på 28 år lov til å ta fri første juledag, som en gest til den katolske kirken i landet som i januar er vertskap for et historisk besøk av Paven.
Tidligere i år var det flere bombeattentat mot hoteller på Cuba, i et åpenbart forsøk på å ramme den stadig økende turismen i Fidel Castros kommunistiske stat.
En salvadoraner er pågrepet og tiltalt for å ha stått bak seks av sju bomber mot turistmål mellom juli og september. Ifølge cubansk politi var mannen hyret av fanatiske eksil-cubanere i USA til å gjennomføre bombeaksjonene.
En italiensk forretningsmann ble drept i en av bombe-eksplosjonene.