Her avsløres mutantviruset

Mens det hersker usikkerhet rundt utbruddet av den britiske mutasjonen av coronaviruset i Nordre Follo, har Oslo universitetssykehus kastet seg inn i jakten.

FHI brukte 13 dager på å analysere det muterte viruset fra Nordre Follo. Nå rustes det opp i avdeling for medisinsk genetikk og klinikk for laboratoriemedisin ved OUS. Reporter: Amanda Walnum og Emilie Rydning. Vis mer
Publisert
Sist oppdatert

FHI brukte 13 dager på å analysere det muterte viruset fra Nordre Follo. Nå rustes det opp i avdeling for medisinsk genetikk og klinikk for laboratoriemedisin ved OUS.

Det forteller Dag Undlien, som også leder norsk konsortium for sekvensering og persontilpasset medisin (Norseq), til Dagbladet.

- Det vi har satt i gang her, er å lese genomene til viruset. Det vil kunne fortelle oss om det er en en britisk variant (B117), sørafrikansk variant (501.V2), eller om det dukker opp nye ting som kan ha betydning for å forstå utbruddet.

800 PRØVER DAGLIG: Avdelingsleder Dag Undlien forklarer hvordan de kan sjekke 800 prøver for virusmutasjon daglig. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet
800 PRØVER DAGLIG: Avdelingsleder Dag Undlien forklarer hvordan de kan sjekke 800 prøver for virusmutasjon daglig. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet Vis mer

Slik oppdager de mutasjon

Avdelingen vil motta RNA - virusets genom - fra FHI, som de har isolert i et reagensrør. Spesialingeniør Marianne Dalland følger Dagbladet inn på prøvenes første stopp; prelaben.

- For at vi skal kunne sekvensere RNA, må vi gjøre det om til DNA. Det gjør vi her.

Deretter går turen inn i en pipetteringsrobot.

- Den kan gjøre mange forskjellige ting. Det vi bruker den til nå, er coronaprøver. Vi forbereder prøven før sekvensatoren på denne roboten her, forklarer spesialingeniør Ragnhild Aaløkken.

ANDRE STOPP: Pipetteringsroboten er prøvenes stopp nummer to hos avdelingen. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet
ANDRE STOPP: Pipetteringsroboten er prøvenes stopp nummer to hos avdelingen. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet Vis mer

Her kjøres prøven i rundt fem timer før den kan gå inn i sekvensatoren. Sekvensatoren er altså endestasjonen, en maskin som gjør at de kan lese genomet.

Enklere forklart av avdelingsleder Undlien:

- Vi gjør noen triks i røret, før vi putter det inn i en maskin som gjør at vi kan lese genomet. Det leser vi som vi leser bokstaver, sier han og fortsetter:

- Så kan vi se om noen bokstaver er byttet ut. Det er noen bokstaver som viser forskjellen på det britiske og øvrige mutasjoner. Selve analysen vil FHI fortsatt gjøre. Vi vil levere sekvenseringsdata til FHI, som vil gå gjennom og tolke dette.

SEKVENSATOREN: Denne gjør at man kan lese genomet, og dermed kan avsløre om prøven er av mutert virus. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet
SEKVENSATOREN: Denne gjør at man kan lese genomet, og dermed kan avsløre om prøven er av mutert virus. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet Vis mer
ENDESTASJONEN: Dette er maskinen hvor det endelige resultatet er klart. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet
ENDESTASJONEN: Dette er maskinen hvor det endelige resultatet er klart. Foto: Emilie Rydning / Dagbladet Vis mer

800 prøver på en dag

Undlien forteller at de håper å kunne starte for fullt i løpet av få dager. Da vil de kunne analysere rundt 800 prøver på en dag, men kan trappe opp til over tusen om nødvendig. Til motsetning har FHI analysert 684 prøver i desember og januar, ifølge NRK.

- Det handler om hva vi er utrustet til. I denne avdelingen sekvenserer vi ofte genomet til mennesker. Til sammenlikning er våre genomer 100 000 ganger større enn et virusgenom. Det betyr at vi har tilgang til mye kraftigere maskiner som kan sekvensere mye mer enn de FHI har, som vanligvis driver med virus. Når vi bruker de store maskinene våre, er det klart at vi har større kapasitet enn de har.

Undlien forteller at OUS fikk en e-post fra FHI 5. januar, med spørsmål om de ville ha kapasitet om det ble aktuelt.

- Den svarte vi positivt på, så har vi hatt møte med dem og blitt enige om at vi skal få det opp og stå. Nå i det siste har det blitt klart at vi skal kjøre anslagsvis 500 prøver per uke.

- Lettere å agere

- Hvis dere hadde fått satt i gang her raskere, hadde det vært med på å forhindre situasjonen Nordre Follo og andre kommuner står i?

- Det som er klart er at vi kanskje kunne bidratt til å oppklare disse sakene fortere, og funnet utbredelsen av det britiske viruset litt raskere. Men hva det hadde hatt å si for tiltak og andre ting, det kan jeg ikke svare på, sier Undlien.

- Vil arbeidet som skal settes i gang her bidra til å redde Norge fra stor spredning av mutert virus?

- Testingen redder ingenting i seg selv, men det gjør det lettere å agere og vite hvilke tiltak man skal sette inn. Men jeg tror fortsatt at de generelle tiltakene fortsatt er de viktigste for å komme oss gjennom dette.

Håpet er at opptrappingen som nå er i gang vil være viktig i jakten på murterte varianter av covid-19.

- Vi håper jo det. Det er stor entusiasme blant ansatte her. Alle har levd i pandemien og mange ser fram til å være en del av det store apparatet som skal være med og bekjempe det.

Vi bryr oss om ditt personvern

dagbladet er en del av Aller Media, som er ansvarlig for dine data. Vi bruker dataene til å forbedre og tilpasse tjenestene, tilbudene og annonsene våre.

Les mer