Kenyatta vinket til sine tilhengere da han gikk om bord i flyet på flyplassen i Nairobi tirsdag morgen.
Presidenten reiste som en «privatperson» på et rutefly til Amsterdam sammen med en liten delegasjon, deriblant kona og datteren, seks parlamentsmedlemmer og tre ministre.
Kenyatta skal etter planen møte i retten i Haag onsdag, i forbindelse med en gjennomgang av hans påståtte rolle i de blodige urolighetene under presidentvalget i Kenya i 2007. Da ble om lag 1.200 personer ble drept og 600.000 drevet fra sine hjem.
Både han og visepresident William Ruto anklages for å ha stått bak volden, men begge avviser anklagene.
Kenyatta er den første sittende presidenten som står tiltalt i den Haag-baserte straffedomstolen. Han har tidligere avvist å reise til Nederland for å være til stede i rettslokalet når saken mot ham begynner.
(NTB)