Politiet hevder de var nødt til å gå inn i moskeen for å hente ut ungdommer som hadde barrikadert seg med fyrverkeri, kjepper og stein.
Palestinere på stedet forteller i stedet at politiet angrep mennesker som var samlet til bønn. 50 personer ble skadd, ifølge palestinsk Røde Halvmåne.
- De stormet inn og startet å slå alle. De pågrep folk og la unge menn med ansiktet ned på gulvet mens de fortsatte å slå dem, sier Fahmi Abbas til nyhetsbyrået Reuters.
I en uttalelse sier politiet at fyrverkeri ble avfyrt og stein kastet mot dem da de gikk inn i bygningen. Én politibetjent skal ha blitt skadd i beinet.

Fly- og rakettangrep
Flere enn 350 mennesker ble pågrepet i moskeen, ifølge politiet. De pågrepne hadde angivelig barrikadert seg på voldelig vis.
Etter sammenstøtene ble raketter avfyrt fra Gazastripen mot Israel. Det israelske militæret svarte med flyangrep mot mål på Gazastripen. Så langt er det uklart om noen ble såret som følge av fly- og rakettangrepene.
Den islamistiske Hamas-bevegelsen, som har makten i Gaza, har bedt palestinere om å dra til al-Aqsa-moskeen for å forsvare den. Hamas Radio hevder Israels flyangrep rammet to treningsleirer, en i Gaza by og en annen i en flyktningleir.
- Vi advarer okkupanten mot å krysse røde linjer ved hellige steder, noe som vil føre til en stor eksplosjon, sier en talsperson for den palestinske presidenten Mahmoud Abbas på Vestbredden.

Jordan fordømmer
Flere arabiske land reagerer sterkt på den israelske politiaksjonen. Jordan, som formelt har overoppsynet med høyden der al-Aqsa-moskeen ligger, fordømmer stormingen av bygningen.
Organisasjonen Den arabiske liga fordømmer politiaksjonen og skal holde krisemøte om hendelsen onsdag ettermiddag.
Regjeringen i Egypt beskriver stormingen av moskeen som en farlig opptrapping som kan undergrave forsøk på å oppnå en våpenhvile. Både Egypt og Jordan har deltatt i forsøk på å roe ned den spente situasjonen på den okkuperte Vestbredden.
Situasjonen i Israel og Palestina har vært svært spent de siste månedene. Siden nyttår har 14 israelere og én ukrainer blitt drept i palestinske angrep, mens minst 91 palestinere er drept av israelske styrker, sivile eller i etterkant av egne angrep.

Påske og ramadan
Stormingen av moskeen skjedde idet palestinere var samlet i bygningen til bønn i forbindelse med fastemåneden ramadan. Samtidig forbereder israelere seg på å feire jødisk påske denne uken.
At påsken i år feires samtidig med ramadan, har ført til bekymring for at situasjonen i Jerusalem kan bli enda mer tilspisset.
Rundt 80 000 muslimer deltok i bønn ved al-Aqsa-moskeen tirsdag kveld. Samtidig har jødiske ultranasjonalister ytret ønske om å ofre geiter inne på området ved moskeen.
Israel tillater ikke rituell slakt på høyden der moskeen ligger. Høyden i Jerusalem er det tredje helligste stedet i islam, og det aller helligste stedet i jødedommen.
Sammenstøt ved al-Aqsa-moskeen i 2021 bidro til å utløse en ti dager lang krig mellom Israel og palestinske grupper på Gazastripen.
Huitfeldt: - Svært bekymringsfullt
Utenriksminister Anniken Huitfeldt (Ap) er bekymret for situasjonen i Jerusalem. Departementet advarer reisende om at det kan oppstå uro og opptøyer.
- Det var svært bekymringsfulle nyheter fra Jerusalem i dag tidlig, sier statsråden til NTB etter de siste urolighetene i Jerusalem. Hun påpeker at vi er inne i flere høytider, som gjelder både muslimer, jøder og kristne.
- Dette bør være en tid for fredelig religionsutøvelse, toleranse, og samarbeid, og ikke for konfrontasjon og voldsbruk, sier Huitfeldt.
Departementet har sendt ut informasjon til norske borgere om at det kan oppstå uro og opptøyer flere steder i forbindelse med de muslimske, jødiske og kristne høytidene, særlig i og ved Gamlebyen i Jerusalem.
- Vi oppfordrer alle reisende til å registrere seg på reiseregistrering.no og følge med på lokale medier, og følge råd fra myndighetene.