Vladimir Janocko ga gjestene en fortjent ledelse på Riverside etter 31 minutter, og dette holdt seg til pause. Målet kom etter frispark.
Liverpool-spiss Owen, som spilte sin 50. landskamp, utlignet fra straffemerket etter 62 minutter, før han headet inn seiersmålet 17 minutter før slutt etter en utsøkt pasning fra lagkamerat i Liverpool Steven Gerrard.
23-årige Owen hadde også en heading i tverrliggeren.
- Jeg skulle hatt et hattrick. Jeg hadde en kjempesjanse i slutten av kampen og noen bra muligheter i 1. omgang, sa Owen.
- Sjefen fortalte oss i pausen at vår klasse ville komme bedre til rette utover i kampen, sa Owen, som i David Beckhams suspensjonsfravær også var Englands kaptein.
- Tyrkia leder gruppe 7 med 15 poeng etter sin 3-2-seier over Makedonia, mens England med en kamp mindre spilt er to poeng bak.
(NTB-Reuters)
